اندازه و شکل حفرات در شبیه سازی مخزن (روابط فشار مویینگی، اشباع شدگی و تراوایی) مورد نیاز می باشد. روابط کارمن-کزنی برای توصیف جربان سیال در محیط متخلخل (قانون دارسی) استفاده می شود، این روابط سنگ های کربناته را به خوبی توصیف نمی کنند، اگرچه روش هایی مانند تزریق جیوه ابرای محاسبه اندازه حفرات م و منافذ برای یک نمونه سنگی در دسترس است ولی این روش ها نمی توانند هندسه و نوع منافذ و حفرات سنگ را مشخص نمایند در حال حاضر در این زمینه مطالعات اندکی صورت گرفته است، در ادامه به بررسی انواع شکل های این منافذ و روش های عددی در مدل سازی آن ها خواهیم پرداخت.

در صورتی که جور شدگی دانه ها به خوبی صورت گرفته باشد و اندازه دانه ها یکسان باشد میتوانیم همانند شکل a آن را برای مدل سازی در نظر گرفت.در دانه های به شکل گوی های پراکنده و جورشدگی مناسب شکل b را در نظر بگیریم، در سنگ هایی با جور شدگی متوسط تا ضعیف اندازه دانه ها از (توزیع نرمال- نرمال لگاریتمی) (شکل c) در نظر گرفته می شوند.همچنین مخازن ماسه سنگی از نوع اائید جز زیر گروه مربوط به شکل d می باشند، این نوع از مخازن را می توان با استفاده از دادنه های بیضوی مدل سازی نمود.

a دانه های با اندازه برابر، b دانه های با اندازه پراکنده، c توزیه اندازه دانه ها با جور شدگی متوسط تا ضعیف، d دانه هایی با اندازه بیضوی مثل اائیدهای تفیر شکل

برای مدل کردن صحیح شکستگی ما نیاز به اندازه شکاف، حجم،... داریم (محور z) شکستگی های مخازن کربناته را می توان با روش های مختلفی اندازه گیری نمود. یکی از راه های سیمان های بلوکی با دانه های کوچکتر با فضای منفذی بین ذره ای کوچک و دانه های بزرگتر در نظر می گیریم. روش دیگر برای مدل سازی سیمان بلوکی حذف اطلاعات برخی از فضاهای خالی در شبکه پیوند ها به صورت تصادفی می باشد. بهترین روش برای بستن برخی از منافذ به عنوان سیمان پلوکی برخی از دانه ها را ایجاد می کنیم تا فضای منافذ بسته شود.

مواد با تخلخل کم (میکرو تخلخل)، رنگ خاکستری مربوط به فضای هالی بین دانه ای می باشد در مرحله بعد سپس شبکه‌ای با مقیاس طول یک پنجم از شبکه اصلی بر روی هر دانه ترسیم شد و به شبکه اصلی متصل شد تا یک شبکه دو مقیاسی را تشکیل دهد